Im gesamten Bodenseebereich konkurrieren die Bedürfnisse der Wasservögel mit dem Freizeitbedarf der Anwohner und Besucher. Badestrände, Campingplätze, Restaurants, Bootshäfen und Wochenendhäuschen befinden sich in vielen Gebieten in Naturschutzzonen, oder grenzen unmittelbar an diese. Hinzu kommen strukturelle Veränderungen mit besonders negativen Auswirkungen:
Die Umwandlung von Wiesen und Ackerflächen in Intensivobstanlagen führt zu einem erheblichen Gifteintrag in das Gebiet.
Das stark vermauerte Ufer in Friedrichshafen verändert die Strömungsverhältnisse. Dadurch wird der Wellenschlag im angrenzenden Eriskircher Ried verstärkt und es kommt zur Erosion des Uferschilfes. Einige Uferbereiche wurden inzwischen renaturiert.
Die seeseitige Grenze des Naturschutzgebietes der Unteren Güll wird im Sommer oft von ankernden Motorbooten vollständig blockiert.
Die geschütze Wasserfläche der oberen Güll umfasst im Sommer nur einen Teil der Bucht. Daher werden die Wasservögel durch Kanuten und Ruderer des angrenzenden Wassersportgeländes der Universität Konstanz sowie durch andere Wassersportler erheblich beunruhigt.
Die Grundwasserabsenkung seit der Einpolderung (8 km langer Damm und drei Pumpwerke) Anfang der 1960er Jahre führten zu dramatischen Veränderungen in der Pflanzen- und Tierwelt der Streuwiesen landseits des Polderdammes. So gingen zum Beispiel sämtliche Wiesenbrüter stark zurück. Noch in den 80er Jahren wurde die Entwässerungsleistung der Pumpwerke zum Schutz des angrenzenden Siedlungsgebietes verstärkt. Gegenwärtig will man im Rahmen eines LIFE-Projektes Teile des Naturschutzgebietes wieder vernässen.
Außerhalb des Schutzgebietes sind noch rund 50 ha Streuwiesen erhalten, die keinerlei Schutzbestimmungen unterliegen. Insbesondere die wertvollen Kopfbinsenriede in Gaißau und Höchst wurden in den vergangenen Jahren zunehmend intensiviert. Einzelne Flächen werden auch im Schutzgebiet intensiv genutzt. Zudem werden aufgrund fehlender Pufferzonen die Flächen bis unmittelbar an das Schutzgebiet intensiv bewirtschaftet.
Die Wasservogeljagd ist vom Ufer aus erlaubt; ausgenommen hiervon sind ein 2,3 km langer Uferabschnitt westlich des Rohrspitzes und die östliche Fußacher Bucht.
Vor allem während sonniger Frühlings- und Sommertage erfährt das Rheindelta einen starken Freizeitdruck durch Motorbootfahrer und oft Hunderte von Erholungssuchenden. Leider hält sich von diesen nicht jeder an die Naturschutzbestimmungen, so dass es immer wieder zu gravierenden Störungen von Flora und Fauna kommt.