Der Bodensee ist aufgrund seiner großen Fläche und seiner vielfältigen Lebensräume ein hervorragendes Brut-, Mauser-, Zugrast- und Überwinterungsgebiet für Wasservögel in Mitteleuropa. Besonders für Durchzügler und Wintergäste hat der See in den letzten drei Jahrzehnten noch erheblich an Bedeutung gewonnen. Zwei Veränderungen waren dafür ausschlaggebend:
Die Gewässereutrophierung seit den 1960er Jahren mit der Folge eines erhöhten Nahrungsangebotes, von der primär die unspezialisierten Pflanzen fressenden Gründelenten, aber auch die Fischfresser (aufgrund der Zunahme der Weißfische und des Flussbarsches) profitierten. Beträchtliche Bestandszunahmen waren die Folge. Zur gleichen Zeit erlitten Nahrungsspezialisten wie die Kolbenente allerdings deutliche Bestandseinbußen, da ihre Hauptnahrung, die Armleuchteralgen, mit der zunehmenden Eutrophierung ab 1962 flächenhaft verschwand. Einhergehend mit der Eutrophierung erfolgte die Einwanderung der Dreikantmuschel Mitte der 1960er Jahre. Das Überangebot an Plankton ermöglichte die starke Vermehrung der Dreikantmuschel. Nicht zuletzt mit dieser neuen ergiebigen Nahrungsquelle entwickelte sich der Bodensee zu einem der international bedeutendsten Rast- und Überwinterungsgebiete für Wasservögel in Mitteleuropa. Das Internationale Büro für Wasservogelforschung (IWRB), heute Wetlands International, baute in den 1950er und 1960er Jahren ein europaweites Zählnetz zur Erforschung und Dokumentation der wandernden Wasservögel auf, das inzwischen auf weite Bereiche Afrikas und Festlandasiens sowie Teilgebiete Amerikas und Australasiens ausgedehnt worden ist. In dieses Erfassungsnetz, durch das von Mitte November bis Januar die Daten (fast) flächendeckend und gleichzeitig über einen sehr großen geographischen Raum erhoben werden, ist auch das Bodenseegebiet einbezogen. Die Daten des Bodensees werden von der Koordinationsstelle im NABU-Naturschutzzentrum Wollmatinger Ried an die nationalen Dokumentationsstellen für Schwimmvogelzählungen in Münster (Deutschland) und Sempach (Schweiz) weitergeleitet.
Seit 1961 werden von September bis April alle am Bodensee auftretenden Schwimmvögel erfasst, in den Monaten November und Januar zusätzlich auch die Möwen. Das Seeufer ist derzeit in 96 Streckenabschnitte unterteilt, die von 38 Mitarbeitern bearbeitet werden. Die Zählstrecken wurden so festgelegt, dass sie alljährlich in gleicher Weise bearbeitet werden können und keine Doppelzählungen an Zählgebietsgrenzen auftreten. Die Zähltermine liegen immer an dem Wochenende, das dem 15. eines Monats am nächsten kommt. Nur bei sehr schlechten Wetterbedingungen, etwa bei Sichtweiten unter 300 m, werden die Zählungen auf einen der folgenden Wochentage verschoben. Mit Hilfe von Spektiven lassen sich die Wasservögel am Bodensee bei guter Sicht bis zu Entfernungen von etwa 2-3 km artspezifisch erfassen. Die Schwärme werden genau ausgezählt; nur bei sehr dichten oder großen Ansammlungen von mehreren tausend Individuen werden die Zahlen in Näherungsverfahren bestimmt. Dabei liegen die Schätzwerte meist unterhalb den tatsächlichen Werten. Da zudem Ausweichflüge und Aufenthalte auf nicht kontrollierbaren Flächen in uferfernen Bereichen vorkommen, können manche Vogelschwärme von den Zählern nicht erfasst werden. Deshalb handelt es sich bei den Bestandszahlen in der Regel um Mindestwerte. Seit Mitte der 1980er Jahre werden zudem Störereignisse erfasst (z. B. Bootsverkehr, Personen am Ufer), die eine grobe Bewertung von Störeinflüssen auf die Bestandszahlen ermöglichen sollen.
Die langjährigen Zählungen haben unter anderem dazu beigetragen, dass die wichtigsten Überwinterungs- und Zugrastgebiete für Wasservögel wie das Wollmatinger Ried mit Teilen des Ermatinger Beckens und das Vorarlberger Rheindelta als 'Feuchtgebiete internationaler Bedeutung' nach der Ramsar-Konvention von 1971 anerkannt wurde.